南京地铁3号线采用大小交路混跑的运行模式，大交路从林场站到秣周东路站，单趟运营时间为72分钟，小交路从林场站到胜太西路站，单趟运营时间为57分钟。

　　南京地铁3号线号线后又一条南北向客流骨干线路，其贯穿大江南北，连接江南主城、江北新区新主城和东山片区，加强了主城内部之间的连接，构成了都市发展区的南北城市轴。连接南京南站、南京火车站等最重要的对外交通枢纽，更为重要的是它与11条地铁线路相互换乘，对稳定南京轨道交通线网起着重要作用。